أثار قرار قائد الانقلاب عبد الفتاح السيسي، تعيين القاضي في مجلس الدولة، مصطفى حنفي، مستشاراً قانونياً له، العديد من ردود الفعل السلبية في الوسطين القضائي والسياسي المصري.
يعتبر حنفي ،العضو الأول الذي يختاره السيسي في فريقه الرئاسي من خارج الجيش، لكن الدلالة الأولى لتعيينه تكمن في عودة الدولة للاعتماد على الشخصيات المحسوبة على نظام الرئيس المخلوع، حسني مبارك، فقد كان حنفي مستشاراً قانونياً لمبارك طوال العقد اﻷخير من حكمه، ومن المعروف أنّ حنفي يرتبط بعلاقات وطيدة مع رئيس ديوان رئيس الجمهورية السابق، زكريا عزمي، إذ كان يشغل المكتب المجاور لمكتبه داخل قصر اﻻتحادية طوال فترة ندبه السابقة للرئاسة.
وتؤكد مصادر قضائية كما ذكر موقع "العربي الجديد"مسؤولية حنفي المباشرة عن العديد من القرارات والإجراءات القانونية المثيرة للجدل في آخر سنوات مبارك، التي طالما وُصفت بأنّها هدر لسيادة القانون، وفي مقدّمتها سكوت مبارك على أحكام القضاء الصادرة ضدّ الحكومة، وعدم قيامه بدوره كحكم بين السلطات.
وإلى جانب ذلك، ساعد حنفي لفترة طويلة، وزير الشؤون القانونية، السابق، مفيد شهاب، كمستشار قانوني له، في فترة تولى خلالها شهاب إعداد مشروعات قوانين مثيرة للجدل أبرزها قانون اﻹرهاب الذي كان قائماً على تقييد حريات المواطنين.
أما على المستوى القضائي، فقد شارك حنفي في إصدار أحكام مثيرة للجدل في بعض القضايا، من أبرزها تلك المرتبطة بإحالة نائب مرشد جماعة "الاخوان المسلمين"، خيرت الشاطر وعدد من قيادات اﻹخوان للقضاء العسكري في قضية ميليشيات اﻷزهر الشهيرة، إذ أوقفت المحكمة اﻹدارية العليا بعضوية حنفي، حكماً حصل عليه الشاطر، ببطلان محاكمة المدنيين أمام قاض عسكري، وإلزام حسني مبارك بمحاكمة المدنيين أمام قاضيهم الطبيعي.
كما شارك حنفي عام 2009 في إصدار حكم باستمرار تصدير الغاز ﻹسرائيل، موقفاً بذلك حكماً آخر ببطلان صفقة تصدير الغاز، التي أثبتت تحقيقات النيابة في ما بعد تورط وزير البترول آنذاك، سامح فهمي، ورجل اﻷعمال المقرب لمبارك، حسين سالم، فيها.